Die Idee zur bundesweiten Kooperation der MediNetze, MediBüros und Medizinischen Flüchtlingshilfen ist 2015 auf dem 8. MediBüro-Bundeskongress in Jena entstanden. Im Rahmen eines Workshops von Jan Kummerfeldt und Robert Klunker wurde über Formen der Kooperation diskutiert. Die Gründungsidee war, besonders kostenintensive Fälle, die von einzelnen MediNetzen, Vereinen, Kollektiven und Initiativen schwer bewältigt werden können, überregional durch einen solidarischen Fonds zu finanzieren. Um diese Idee weiterzuentwickeln, bildete sich eine Arbeitsgruppe von vier, später fünf Personen, die sich in Jena getroffen hat und über den bundesweiten MediBüro-E-Mail-Verteiler Vorschläge kommunizierte.
Aufgrund von zahlreichen unterschiedlichen Vorstellungen der Ausgestaltung der Zusammenarbeit einigte man sich auf eine finanzielle Kooperation. Offiziell gegründet wurde der MediFonds 2016 in Erfurt von sieben Einzelpersonen; kurz danach traten die ersten MediNetze ein. Der Name entstand aus dem Arbeitstitel „MediBüro Deutschland“ und der späteren Konzentration auf die finanzielle Kooperation. Im gleichen Jahr wurde die Initiative auf dem 9. MediBüro-Bundeskongress in Berlin vorgestellt. Seitdem haben sich finanzielle Abläufe eingespielt, d.h. die Spendenaufrufe, die Anfragen der MediNetze an den MediFonds, die internen Absprachen, welche Behandlungen unter welchen Bedingungen bezahlt werden können, die Rechnungsbegleichung usw. Seit der Vereinsgründung steigt die Zahl an natürlichen und juristischen Mitgliedern. Zudem wird die Struktur des MediFonds weiter ausgebaut.